プロジェクトがファンディングに成功すると、クリエイターに集まった資金から5%が Kickstarter 手数料として差し引かれます。また、Kickstarter のオンライン決済サービス Stripe にも決済手数料（およそ3～5%）が支払われます。手数料の詳しい内訳については、こちらをご覧ください。
なお、プロジェクトがファンディングゴールに到達しなかった場合、手数料は一切請求されません。
この手数料構造は 2009 年に確立されたもので、「クリエイターに優しいファンディング」の業界基準を設定するものとなりました。
Kickstarter では、できるだけ多くの額がアーティストに支払われるべきだという考えのもと、このモデルを使用しています。Kickstarter は、エージェントやディーラー、流通業者、資金スポンサー、レコード会社、出版社といった典型的な通過地点を通らずにプロジェクトを実現させるためのツールであり、そのため Kickstarter の手数料はこういった業者よりもずっと低い設定となっています。
2015年には、健全なクリエイティブコミュニティの構築をよりいっそうサポートしていけるよう、パブリック ベネフィット コーポレーションとなりました。 これはつまり、Kickstarter の成功というのは、株主利益の大きさだけではなく、クリエイティブプロジェクトを実現させるという Kickstarter のミッションをどれほど達成できたかによって測られることを意味します。